由于外显子测序有杂交捕获的过程，这样就会涉及捕获效率。各外显子的杂交效率不同，其同源竞争的情况也不同，所以不同的外显子的覆盖率存在差异。一般情况下，外显子测序不能用于CNV的检测，但在癌症研究中，利用癌组织和癌旁组织对照，可以检测somatic CNV。

注释基因的多少跟所研究的物种直接相关，如某些比较重要的物种基因研究的比较多，功能也比较清楚，注释得到的基因就会很多；反之则会比较少。

有必要，至少需要两次生物学重复，3次以上的生物学重复更好。2011年7月Hansen发表的文章表明生物学差异是基因自身表达的特性，与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。如果不设生物学重复，高影响因子的杂志可能会因此而拒稿。

转录组测序所需的测序量随研究目的的不同而有所差异。目前，为保证数据分析结果的可靠性和准确性，吉凯基因推荐对有参考基因组的转录组采用最低6Gb clean data进行后续分析，如果想检测到低丰度的转录本推荐采用10Gb clean data。如果没有参考基因组，需要进行转录本的拼接组装，为了拼接组装的完整性，吉凯基因推荐最低10Gb clean data的转录组测序。

捕获特异性（capture specificity），指比对到目标区域的有效数据量占总的数据量的比例。捕获效率的高低不影响数据质量，只影响数据的有效比例。特异性越高代表所关注的目标数据的利用率也越高。

覆盖度（coverage ratio）是目标区域被覆盖到的比率，一般外显子的覆盖度都可以达到95%以上；随着深度的增加，覆盖度也会增加。

目前DNA甲基化测序的主要有WGMS与RRBS,BSAS. WGMS是全基因组、单碱基分辨率、绝对甲基化水平检测的方法，是DNA甲基化检测的金标准。RRBS是简化的、具有代表性的亚硫酸盐测序通过MspI酶切基因组，选取小片段DNA进行亚硫酸盐处理后上机测序。RRBS可以覆盖85%以上的CpG岛和Promoter，这比例仅仅是针对数目。RRBS覆盖某个Promoter区域的5个CG位点，即算覆盖该Promoter。