主要特点包括三方面：

一、基因和蛋白表达的有效的微小变化会在代谢物上得到放大，从而使检测更容易；

二、代谢组学的技术不需建立全基因组测序及大量表达序列数据库；

三、因为代谢产物在各个生物体系中都是类似的，所以代谢组学研究中采用的技术更通用。