目前DNA甲基化测序的主要有WGMS与RRBS,BSAS. WGMS是全基因组、单碱基分辨率、绝对甲基化水平检测的方法，是DNA甲基化检测的金标准。RRBS是简化的、具有代表性的亚硫酸盐测序通过MspI酶切基因组，选取小片段DNA进行亚硫酸盐处理后上机测序。RRBS可以覆盖85%以上的CpG岛和Promoter，这比例仅仅是针对数目。RRBS覆盖某个Promoter区域的5个CG位点，即算覆盖该Promoter。