捕获特异性（capture specificity），指比对到目标区域的有效数据量占总的数据量的比例。捕获效率的高低不影响数据质量，只影响数据的有效比例。特异性越高代表所关注的目标数据的利用率也越高。

覆盖度（coverage ratio）是目标区域被覆盖到的比率，一般外显子的覆盖度都可以达到95%以上；随着深度的增加，覆盖度也会增加。