2-DGE是伴随着MALDI-TOF技术发展起来的蛋白质分离技术，理论上可以通过等电点(IEF)和分子量(SDS-PAGE)的差异将总蛋白质逐一分开，实际情况并不理想，因为低丰度蛋白无法染色成功而看不见，蛋白翻译后修饰后偏离理论位置等等，一张2-DGE能鉴定到的蛋白质总数最多～2000蛋白。而iTRAQ是伴随LC-MS/MS技术发展起来的蛋白质组定量技术，不用做双向电泳，同时可以克服2-DGE无法鉴定低丰度和修饰蛋白干扰的情况，一针即可鉴定～2000左右的蛋白(1.5hr)，分组分后，依据不同物种的情况有所差异，一般来说细胞或组织样本iTRAQ定量可以获得4000～6000个定量蛋白。

iTRAQ的优势不仅仅在于定量蛋白质组的数量，还在于单次实验可以同时做4～8个样本，降低仪器的系统误差，保持高通量定量能力。一般的定量蛋白质组实验，iTRAQ优势远远大约2-DGE，属于两个时代的技术。