目前常见的定量蛋白质组方法有iTRAQ、SILAC、label-free和DIA。其中最流行的是iTRAQ定量蛋白质组方法，该方法不依赖样本，可以做任意样本的总蛋白质的差异定量，而且定量准确，这个层次上label-free虽然也可以做任意样本，但是定量准确度难以保障。SILAC是仅仅适合细胞层次的蛋白质组定量，组织的定量需要摸索或者前人已经摸索的模式，中途测试新组织难度较大，极易失败，细胞层次的SILAC培养费用高昂，不适合做商业化。DIA是目标蛋白质组相关的定量模式，DIA可以完成数千种蛋白的定量，准确度极高，对于亚细胞结构、细菌、真菌、细胞分泌物等样本，DIA效果非常好。DIA本身对物种没有偏向性，也是目标蛋白定量的一种，定量结果准确，发文章更具有说服力。