蛋白质（protein）是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。没有蛋白质就没有生命。蛋白质的表达量异常，包括磷酸化，糖基化等修饰的异常，蛋白质间相互作用异常都会引起疾病的发生。通过质谱方法可以鉴定蛋白种类以及高通量的蛋白表达量检测，通过ELISA，WB等方法可以确定蛋白的表达量。
代谢组学(Metabonomics/Metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。
生物信息学分析是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展产生的一种新兴技术。通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术可以从各类组学海量的高通量数据中揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。