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细胞治疗综合服务

Genecard I-VII

基于TCGA、GEO大数据或吉凯数据库或客户样本,分析验证未在所研究肿瘤中被报道过功能或临床相关性的新功能基因,为后续抗肿瘤药物的靶点以及生物标记物的确定提供前期数据基础。

技术原理

通过吉凯基因疾病关键基因专利数据库,分析出在所研究肿瘤中没有报道过的候选基因,利用慢病毒介导的RNAi技术,对若干个候选基因分别进行RNAi,通过Cellomics高内涵功能筛选(HCS)平台对感染后的细胞进行4~5天细胞计数,寻找到对细胞增殖有影响的基因。通过TCGA、GEO大数据或客户样本验证候选基因的临床相关性,并完成该基因在一株细胞上的至少3个增殖方向功能学实验(MTT/细胞周期(PI/流式法)/凋亡(Annexin V/流式法)/BrdU/克隆形成等)或者2个转移方向功能学实验(划痕愈合/Transwell迁移/Transwell侵袭等)。后续可根据需要完成该基因在其他细胞上的功能学实验、动物体内实验、深入机制探讨等补充研究方案

结果展示

初步筛选目的功能基因:将候选基因shRNA慢病毒感染靶细胞,使靶细胞内源表达的候选基因表达下调,通过Cellomics高内涵功能筛选(HCS)平台对感染后的细胞进行4~5天细胞计数,观察候选基因表达下调后的细胞与对照细胞相比细胞增殖(或划痕愈合)的变化,从而推断对细胞增殖(转移)有影响的基因。

注:最后提供一个阳性基因@一株细胞的数据,含Negative Control(NC)和目的基因RNAi两组结果。阴性基因数据不提供。

示例图:




目的功能基因临床相关性验证:通过TCGA、GEO大数据或客户样本(qPCR或者免疫组化)验证目的基因的临床相关性

示例图:




目的基因细胞功能验证:用shRNA慢病毒在靶细胞中沉默目的基因,qPCR和WB验证目的基因在细胞中的敲减效率,并 进行MTT/细胞周期(PI/流式法)/凋亡(Annexin V/流式法)/BrdU/克隆形成等增殖方向的功能学实验或转移方向功能学 实验(划痕愈合/Transwell迁移/Transwell侵袭等)。分组:NC vs KD,每组三个复孔。承诺在肿瘤靶细胞中该基因敲 减后的至少4个增殖方向(含HCS增殖检测)的功能学阳性实验结果或者3个转移方向(含HCS转移检测)的功能学阳性结果。

示例图—增殖方向实验:

示例图—转移方向实验:

研究技术路线

参考文献

1.Jin ML, Kim YW, Jin HL, et al. Aberrant expression of SETD1A promotes survival and migration of estrogen receptor α-positive breast cancer cells. Int J Cancer. 2018; 143(11):2871-2883.

2.Lu et al. RUNX2 Plays An Oncogenic Role in Esophageal Carcinoma by Activating the PI3K/AKT and ERK Signaling Pathways. Cell Physiol Biochem. 2018; 49(1):217-225.

3.Yang et al. TRIM52 plays an oncogenic role in ovarian cancer associated with NF-kB pathway. Cell Death and Disease. 2018; 57(12):1792-1802.
4.Zheng et al. FAM98A promotes proliferation of non-small cell lung cancer cells via the P38-ATF2 signaling pathway. Cancer Manag Res. 2018;10:2269-2278.
5.Xiong et al. TRIM44 promotes human esophageal cancer progression via the AKT/mTOR pathway. Cancer Sci. 2018;109(10):3080-3092.

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